U sastavu Sektora su sljedeći odsjeci:

- Odsjek za borbu protiv terorizma
- Odsjek za borbu protiv organizovanog kriminala i korupcije
- Odsjek za suzbijanje zloupotrebe opojnih droga

ODSJEK ZA BORBU PROTIV TERORIZMA

U nadležnosti Odsjeka je:

- Provođenje relevantnih međunarodnih instrumenata i standarda;
- Izrada novih zakonskih rješenja po pitanjima borbe protiv terorizma;
- Izrada strategijskih i akcionih planova;
- Nadzor nad pravovremenim i učinkovitim provođenjem zakona i propisa koji se odnose na: suzbijanje terorizma, suzbijanje aktivnosti grupa koje se bave krijumčarenjem oružja za potrebe terorističkih grupa, nuklearnog i hemijsko-biološkog oružja, te finansiranjem terorizma ili grupa koje ga podupiru, a posebno onih za koje se indicira da su u sprezi sa drugim oblicima organizovanog kriminala;
- Koordinacija aktivnosti i saradnja sa agencijama u sastavu Ministarstva sigurnosti, kao i drugim relevantnim institucijama BiH na polju borbe protiv terorizma;
- Vrši saradnju sa međunarodnim organizacijama. 

ODSJEK ZA BORBU PROTIV ZLOUPOTREBE OPOJNIH DROGA I PREKURSORA

Nadležnosti Odsjeka su da:

- prima i analizira izvještaje o prijavama krivičnih djela i prekršaja u vezi s opojnim drogama, o pravosnažno osuđenim licima za krivična djela i prekršaje u vezi s opojnim drogama, izvršenju kazne zatvora i drugih sankcija prema tim počiniocima, oduzetim količinama opojne droge, psihotropnih supstanci, biljaka i prekursora, novčanim sredstvima i drugoj imovinskoj koristi iz nedozvoljenog prometa opojnih droga, te o prijavama carinskih prekršaja u vezi s opojnim drogama;
- sakuplja i analizira podatke o godišnjim potrebama opojnih droga koje se u skladu sa zakonom mogu proizvesti i staviti u promet, te prati uzgoj biljaka, uvoz, izvoz i transport opojnih droga i prekursora na osnovu izvještaja o dozvolama nadležnih organa;
- sarađuje s organima na svim nivoima vlasti, ustanovama socijalne zaštite, vaspitnim, obrazovnim, kulturnim, zdravstvenim i drugim ustanovama, vjerskim zajednicama, udruženjima, fondacijama, sredstvima javnog informisanja, te pravnim i fizičkim licima radi sprečavanja zloupotrebe opojnih droga;
- sarađuje sa međunarodnim tijelima, ustanovama, udruženjima i drugim pravnim i fizičkim licima, te se stara za efikasno odvijanje međunarodne saradnje u sprečavanju i suzbijanju zloupotrebe opojnih droga, a posebno nedozvoljenog prometa opojnih droga;
- obavlja i druge poslove u oblasti suzbijanja zloupotrebe opojnih droga koje mu povjeri Vijeće ministara ili Komisija za opojne droge.

ODSJEK ZA BORBU PROTIV ORGANIZOVANOG KRIMINALA I KORUPCIJE

Nadležnosti Odsjeka su da:

- prati, proučava, analizira i procjenjuje ukupno stanje u oblasti borbe protiv organizovanog kriminala i korupcije, a naročito vezano za zakonito, djelotvorno i pravovremeno provođenje zakona i propisa;
-  prati i analizira međunarodne konvencije, međunarodne sporazume, i druge međunarodne pravne instrumente usmjerene ka borbi protiv organizovanog kriminala, zakonska i podzakonska rješenja u BiH, cijeni njihovu usaglašenost sa međunarodnim propisima i standardima, te predlaže pokretanje inicijative za usklađivanje domaćeg zakonodavstva sa međunarodnim standardima i instrumentima;
-  prati primjenu važećih zakonskih i podzakonskih akata u BiH i o tome podnosi izvještaje;
-  sarađuje i koordinira aktivnosti sa odgovarajućim tijelima entiteta i Brčko Distrikta, te sarađuje sa odgovarajućim tijelima Vijeća Evrope, Evropske unije, Ujedinjenih naroda, SECI centrom i odgovarajućim tijelima država sa kojima BiH ima potpisane bilateralne sporazume vezane za borbu protiv organizovanog kriminala i korupcije;
- sudjeluje u predlaganju i izradi mjesečnih, polugodišnjih i godišnjih planova rada vezanih za borbu protiv organizovanog kriminala i korupcije, te podnosi mjesečne, polugodišnje i godišnje izvještaje o radu;
- pruža stručnu pomoć agencijama iz sastava Ministarstva, mjerodavnim za provođenje poslova iz predmetne oblasti;
- u skladu sa potrebama i sa dobijenim nalogom vrši neposredan uvid u način izvršenja zadataka i provođenje zakona na terenu.